Gregor Pompe je na Filozofski fakulteti v Ljubljani študiral primerjalno književnost, nemški jezik in muzikologijo. Za svoje diplomsko delo je  prejel študentsko Prešernovo nagrado Filozofske fakultete. Predava na Oddelku za muzikologijo Filozofske fakultete v Ljubljani, kjer je leta 2006 obranil svojo doktorsko disertacijo. Zgodovino glasbe je predaval tudi na Oddelku za glasbo Pedagoške fakultete na Univerzi v Mariboru in vodil seminar na Oddelku za muzikologijo Humanistične fakultete Univerze Karla Franza v Gradcu.

Kot znanstveni raziskovalec se ukvarja s sodobno glasbo z vprašanji semantike glasbe in glasbenega gledališča. Za svoje strokovno delo je prejel Mantuanijevo priznanje Slovenskega muzikološkega društva, Filozofska fakulteta in Študentski svet FF pa sta mu podelili nagradi za uspešno pedagoško delo. Dejaven je še kot publicist, glasbeni kritik in skladatelj. Od leta 2009 je predsednik Slovenskega muzikološkega društva.