Im Jahr 1998 schloss Milena Lipovšek ihr Studium an der Musikakademie von Ljubljana mit Bravur ab und beendete da in 2004 noch ihre postakademische Ausbildung mit der Darbietung von J. Francaixs Concerto für Flöte und Orchester. Sie förderte ihr Studium mit Meisterkursen von vielen angesehenen Professoren.

Sie konzertierte mit zahlreichen Orchestern wie dem Nationaltheater - Oper und Ballett Ljubljana, Kammerorchester Camerata Labacensis, Gustav-Mahler-Kammerorchester, dem nationalen philharmonischem Orchester OSEPS Sao Paolo (Brasilien) und Australischem Kammerorchester.

Seit 1999 arbeitet sie als solo Flötistin mit dem Symphonieorchester RTV Slowenien zusammen. Als Solistin als auch Kammermusikerin macht sie regelmäßig Aufnahmen und verbucht zahlreiche Auftritte. Milena ist ein festes Mitglied des Flöten Quartetts Flutes Unlimited und des Kammerensembles Opus 3, und wirkt auch bei andern (Kammer-) Ensembles und Festivals in Europa, Brasilien, Australien und den USA mit.

Milena Lipovšek unterrichtet am Konservatorium für Musik in Ljubljana und Celje, und leitet Meisterkurse in Slowenien, Brasilien, Monte Negro und Deutschland. Ihre Studenten erzielen hohe Erfolge sowohl bei nationalen als auch internationalen Wettbewerben.